Hace tiempo les informamos sobre un secuenciador de ADN en forma de una memoria USB capaz de secuenciar genomas simples, como los de algunos virus y bacterias en cuestión de segundos. Ahora investigadores de la Universidad de East Anglia, resaltan el potencial de esta tecnología utilizándola para el diagnóstico de infecciones y determinar la resistencia a antibióticos.
El secuenciador es llamado MinION y funciona mediante unos nanoporos capaces de detectar cambios eléctricos a medida que pasa una cadena de ADN, acelerando su lectura más de 200 veces a comparación de los actuales sistemas.
Actualmente a pesar de sus múltiples aplicaciones en la microbiología clínica, los métodos de secuenciación masiva presentan limitaciones en el análisis de secuencias repetitivas, especialmente aquellas que flanquean genes de patogenicidad o resistencia bacteriana adquiridos horizontalmente. Esto es debido a que la tecnología de secuenciación masiva está basada en la rotura del ADN y secuenciación de los pequeños fragmentos resultantes, y no es capaz de reconstruir la secuencia original si las repeticiones son mayores que los fragmentos obtenidos.
En este contexto, la secuenciación mediante nanoporos de MinION permite secuenciar fragmentos de ADN de mayor longitud, por lo que puede resolver las secuencias repetitivas con mejor rendimiento.
Utilizando MinION, los investigadores mapearon de forma exitosa los genes implicados en la resistencia a fármacos de una cepa de Salmonella Typhi Haplotipo 58. En 18 horas, el dispositivo proporcionó resultados que tenían una precisión comparable a las tecnologías habituales.
Con este trabajo, y a pesar de reconocer que, efectivamente la tasa de error es mayor que la de otras plataformas, los investigadores demuestran que MinION puede identificar, caracterizar subtipos y detectar genes de resistencia de acuerdo a las necesidades clínicas, e indican que la infraestructura bioinformática necesaria para ello también está disponible.
“Este tipo de tecnología revolucionará el modo en el que caracterizamos la rápida propagación de las enfermedades infecciosas emergentes resistentes a antibióticos,” dijo Justin O’Grady, responsable de la investigación. “Este análisis habría llevado meses, utilizando los métodos tradicionales, debido al extenso análisis de laboratorio tras la secuenciación. Para cuando los resultados estuvieran disponibles podrían ser irrelevantes para el diagnóstico clínico y las intervenciones de salud pública.”
Con estos resultados, la secuenciación mediante nanoporos afianza su presencia y potencial para el diagnóstico clínico. Actualmente MinION todavía no está preparado y optimizado para sustituir a la secuenciación masiva. Sin embargo puede ser una herramienta complementaria de gran utilidad, además de su costo de 900 dólares.
Referencia: Universidad de East Anglia